¿Los folios que asigna el SAT para factura electrónica, se podrá utilizar para cualquier tipo de documento que emitamos tales como factura, nota de crédito, etc.?

Es correcto, los folios asignados para emitir facturas electrónicas, y no dependiendo del efecto que tendrá en la contabilidad, el cual puede ser ingreso  (cuando se cobra), Egreso (si se trata de una nota de crédito o recibo de nómina) o trasladado (carta porte).